（一）细胞质基因与核基因
细胞质基因指的是细胞质内控制生物性状的遗传物质。细胞核基因指的是细胞核内控制生物性状的遗传物质。两者的主要区别：一是存在位置不同。质基因存在于细胞质的线粒体、叶绿体等结构上；核基因位于细胞核内染色体上。二是存在方式不同。核基因在染色体上呈直线排列，与蛋白质结合。而含质基因的DNA不与蛋白质结合，而是呈双链环状等形状单独存在。
（二）细胞核遗传、细胞质遗传与生物性状
1、生物体中绝大部分性状是受核基因控制的，核基因是主要的遗传物质，而有些性状是受细胞质基因控制的。
2、细胞核遗传和细胞质遗传各自都有相对的独立性。质基因与核基因一样，可以自我复制、可以转录和翻译控制蛋白质的合成，也就是说都具有稳定性、连续性、变异性和独立性。
3、核遗传和质遗传相互影响，生物性状很多情况体现为核质互作。两者虽具相对的独立性，但并不意味没有丝毫关系。因为细胞核和细胞质共同存在于一个整体中，它们之间必然相互依存、制约、不可分割。
（三）细胞质遗传和细胞核遗传的比较（以一对相对性状的亲本杂交为例）
